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Fabian Guedes nasceu em Santa Cruz do Sul, Rio Grande do Sul, em 16 de agosto de 1980. Iniciou sua carreira profissional no Sport Club Internacional em 2000, onde permaneceu até 2005.
Durante sua passagem pelo Internacional, Guedes se destacou como um zagueiro sólido e confiável. Conquistou o Campeonato Gaúcho em 2002 e 2003, além da Copa Sul-Americana em 2004.
Em 2005, Guedes transferiu-se para o futebol português, onde atuou pelo Sporting Lisboa. No entanto, sua passagem por Portugal foi breve, e ele retornou ao Brasil em 2006.
Após seu retorno ao Brasil, Guedes jogou por diversos clubes, incluindo Grêmio, Cruzeiro e Atlético Mineiro. Em 2010, conquistou o Campeonato Brasileiro Série A com o Cruzeiro.
Guedes se aposentou do futebol profissional em 2015, após uma carreira de 15 anos. Atualmente, trabalha como comentarista esportivo.